1.傳染病和害蟲。糞便中含有大腸桿菌和線蟲等害蟲，導致病蟲害和農作物病害的傳播，也影響食用農產品的人體健康。未成熟的有機物在土壤中發酵時，容易滋生病菌和害蟲，這也導致植物病蟲害的發生。

2.發酵和燃燒幼苗。將未發酵的生糞肥施入土壤后，當發酵條件滿足時，生糞肥開始發酵。如果發酵地點靠近根部且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，甚至導致植物死亡。

3.有毒氣體的危害。分解過程中會產生甲烷、氨和其他有害氣體，對土壤和作物造成酸損害和根部損害。

4.土壤缺氧。有機物在分解過程中會消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時處于缺氧狀態，從而抑制作物的生長。

5.肥料利用率低。未發酵和分解的有機肥中的養分大多是有機的或緩效的，不能被作物直接吸收和利用，只有分解轉化才能被作物吸收和利用。因此，不經發酵直接施用降低了肥料效率。

6.環境污染。農場使用直接施用來消耗糞便，糞便也可以在作物施肥的高峰期處理掉；在施肥的淡季，糞便無人照管，因此不得不堆積起來，肥料的效率就喪失了，這就污染了環境和地下水資源。

7.使用不方便，效率低。未經處理的糞便難以運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機質長期轉化為腐殖質，養分流失嚴重。